随着与西班牙关系的恶化，亨利八世对于自己的婚姻问题日益不满。到1527年，他的王后阿拉贡的凯瑟琳已年逾40，只有一个女儿玛丽而无男嗣，都铎王朝的王统面临断绝的危险。这时亨利八世爱上了在法国宫廷受过教育，倾向宗教改革的贵妇安娜?波琳，便决心离婚再娶。按教会法规，国王的婚姻问题必须由罗马教皇批准，方为合法，亨利八世便向罗马教皇克雷芒七世提出请求。但教皇此时完全受制于查理五世，阿拉贡的凯瑟琳是查理五世的姨母，所以教皇使用各种手段，拒不批准亨利八世的离婚。国内的旧贵族和教会人士也对离婚案持反对态度。指靠罗马教廷和教俗旧贵族解决这个问题，显已全然无望。在此关头，亨利八世毅然改弦易辙，转向全国要求改革的乡绅与资产阶级等阶层寻求支持，于1529年10月罢免了民愤极大的沃尔西，并在11月召开议会，开始实行宗教改革。
宗教改革引起了国内外反改革势力的强烈反对。教皇将亨利八世开除教籍，神圣罗马帝国威胁要入侵和断绝贸易。亨利八世审时度势，依靠全国民族情绪和新兴资产阶级力量的支持，进行强硬反击。他宣称:“那怕教皇开除教籍一万次，我也不在乎。我要向所有的国王证明，教皇的力量是多么微不足道。”“西班牙人要是来的话，就别想回了。”“弗兰德尔若没有英国贸易，就只有垮台。”他利用法国与西班牙的矛盾，在一些问题上取得法国国王支持，并与一些信奉路德教的德意志诸侯结盟。亨利八世在国内加强镇压，1534年议会通过“叛逆法”，规定凡是用言论、文字、行动诬蔑国王为异端、裂教者、暴君等恶名者，不承认国王是教会首领者，否认国王婚姻合法者，均为叛逆，罪当处死。依此法案，杀掉了一大批反改革的教士，托马斯?莫尔也因不承认议会有权进行宗教改革，而被处死。但同时，一些信仰各种改革教派的人，也作为“异端”被处火刑。
随着宗教改革运动的深入，巩固国家统一成为迫切的问题。当时封建旧贵族在靠近苏格兰的北部地区，威尔士和西部边区及爱尔兰的英占区，仍有着强大的割据势力。他们勾结教皇与西班牙反对改革，阴谋暴乱。1536—1537年北方的旧贵族和教会势力利用农民的不满，掀起了名为“求恩巡礼”的叛乱，向南进军，要求取消一切改革，并惩办改革派。亨利八世依靠改革派广大群众的支持，坚决镇压，杀掉废掉了一批北方旧贵族，成立由改革派主持的“北方法院”进行统治。在威尔士和西部边区，则成立了由改革派主持的“威尔士边区法院”，惩办了大批不法的旧贵族，推行英国的行政司法制度。议会于1536年和1543年通过法案，把威尔士正式并入英国。由于改革派取得的成就，1536年的议会法案规定，国内原有的一切封建特权区必须在国王的名义下治理，实行统一的行政司法制度。从此，国内的封建割据基本被消灭。1536—1537年，亨利八世还镇压了爱尔兰英占区旧贵族的反改革叛乱，派改革派人士为代表进行统治，他自己于1541年兼称爱尔兰国王。1538—1539年，亨利八世以勾结教皇的罪名，杀掉了最后一批约克王朝王族，至此据地自雄的旧贵族基本被清除掉。
宗教改革运动，尤其是没收大批修道院地产，带来了深刻的社会经济变革。王室由于财政需求和谋求政治支持，把大批地产转卖或赠送给新贵族和工商业资产阶级，使这些新兴势力发财致富，成为宗教改革的既得利益者。他们大搞圈地，提高地租，赶走佃户，造成大批农民流离失所，社会秩序动荡不安。1531年和1536年议会通过法案，用肉刑、奴隶劳动和处死等血腥手段，残酷镇压流浪者。惩办流浪者、安置劳动力、征救济税、维持治安，管理地方行政司法事务的权力，则交给由乡绅担任的治安法官和教区职员，使他们取代教俗封建主，成为中央在地方上实行统治的工具。
随着内政、外交、财政、司法、军事、宗教事务的日益繁杂，原来的宫廷和贵族谘议院这些旧机构已不能适应需要。克伦威尔等改革派便进行了政府改革。由大法官、财政大臣、枢密院长、掌玺大臣、国务秘书、警务大臣、会计官、御前大臣等十几位主要专职大臣组成枢密院，成为中央政府核心。亨利八世作为国王有任免枢密大臣的全权，并是枢密院会议的名义主持者。由议会法案规定其组织形式的各个财政法院分管各项收支，国王的宫廷则变为专管国王个人事务的政府部门。司法制度也进行了改革，星室法院、请求法院等特权法院成为推行政府政策，实行镇压的得力工具，弥补了旧有的通常法院因循腐朽，缺乏效率的状况。这些改革造成了强大的中央集权，使亨利八世拥有以前的国王从未得到的专制权力。
